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食单胞菌属（Comamonas Davis and Park 1962）新属，恢复有效名称（nom. rev.）并订正（emend.），以及土源食单胞菌（Comamonas terrigena Hugh 1962）新种，恢复有效名称

P.德沃斯 1 ∗ 1 ∗ ^(1**){ }^{1 *} 、K.克斯特斯 1 1 ^(1){ }^{1} 、E.法尔森 2 2 ^(2){ }^{2} 、B.波特 1 1 ^(1){ }^{1} 、M.吉利斯 1 1 ^(1){ }^{1} 、P.塞格斯 1 1 ^(1){ }^{1} 、J.德莱 1 1 ^(1){ }^{1} 合著微生物学与微生物遗传学实验室，国立根特大学，B-9000 比利时根特 1 1 ^(1){ }^{1} ；哥德堡大学临床细菌学系菌种保藏中心，S-41346 瑞典哥德堡 2 2 ^(2){ }^{2}

  摘要

对以下分类单元的历史及当前分类学及命名状态进行了研究：“Terrigenus 弧菌”（Vibrio terrigenus Günther 1894）、“Percolans 弧菌”（Vibrio percolans Mudd and Warren 1923）、“Alcaligenes 弧菌”（Vibrio alcaligenes Lehmann and Neumann 1927）、“Alcaligenes 冠毛单胞菌”（Lophomonas alcaligenes Galarneault and Leifson 1956）、“Percolans 丛毛单胞菌”（Comamonas percolans Davis and Park 1962）、“Terrigena 丛毛单胞菌”（Comamonas terrigena Hugh 1962）、“Terrigena 假单胞菌”（Pseudomonas terrigena Hugh 1965）、“Cyclosites 弧菌”（Vibrio cyclosites Gray and Thornton 1928）、“Neocistes 弧菌”（Vibrio neocistes Gray and Thornton 1928）、“Cuneatus 弧菌”（Vibrio cuneatus Gray and Thornton 1928）以及“Compransoris 丛毛单胞菌”（Comamonas compransoris Nozhevnikova and Zavarzin 1974）。这些微生物大多曾被错误命名。通过脱氧核糖核酸-核糖体核糖核酸杂交实验，确定菌株"Terrigena 丛毛单胞菌"（原"Percolans 弧菌"）NCIB 8193、"Neocistes 弧菌"NCIB 2582 及"Cyclosites 弧菌"NCIB 2581 定位于恶臭假单胞菌（Pseudomonas acidovorans）核糖体核糖核酸分支上，紧邻睾丸酮假单胞菌（Pseudomonas testosteroni）。 脱氧核糖核酸-脱氧核糖核酸杂交实验、血清学研究、可溶性蛋白质凝胶电泳图谱及表型特征的数值分析结果均支持将这些菌株及临床分离株 CCUG 12940 归入同一分类单元。我们建议恢复使用 Comamonas terrigena Hugh 1962 这一名称。该种模式菌株为 NCIB 8193（= ATCC 8461 = LMG 1253 = CCUG 15327）。C. terrigena 是 Comamonas 属的模式种（Davis and Park 1962 nom. rev.）。本文提供了 C C CC . terrigena 的详细表型描述，该种可与 P P PP . acidovorans 及 P. testosteroni 相区分。"Achromobacter cystinovorum" NCIB 4854 存在命名错误，经鉴定与 P. acidovorans 具有极近的亲缘关系。"V. alcaligenes" NCTC 9239 亦属错误命名，其与 Pseudomonas diminuta 亲缘关系密切，而后者本身也不宜继续保留在 Pseudomonas 属内。确认" V V VV . cuneatus" NCIB 8194 的分类归属应为 Pseudomonas fluorescens。"C. compransoris" DSM 1231 及" V V VV . cyclosites" ATCC 14635（即所谓与" V V VV . cyclosites" NCIB 2581 同义的菌株）均明确不属于 C. terrigena。 这两个菌株彼此间存在显著差异，且与所有其他研究菌株亦明显不同；其确切的分类学地位尚不明确。

三十年来，"丛毛单胞菌属"（Comamonas，Davis 与 Park 于 1962 年命名）和"丛鞭毛菌属"（Lophomonas，Galarneault 与 Leifson 于 1956 年命名）成员的分类学地位始终存在混淆。这两个名称既未被收录于《细菌名称核准名录》（55）及其后续核准名录，亦未作为有效属名载入《伯杰氏鉴定细菌学手册》 ( 7 , 8 ) ( 7 , 8 ) (7,8)(7,8) 及《伯杰氏系统细菌学手册》（38）。历史上曾被视为这两个属成员的菌株，曾被冠以"土生弧菌"（Vibrio terrigenus）、"渗滤弧菌"（Vibrio percolans）、"环状弧菌"（Vibrio cyclosites）、"新囊弧菌"（Vibrio neocistes）、"产碱弧菌"（Vibrio alcaligenes）、"产碱丛鞭毛菌"（Lophomonas alcaligenes）、"渗滤丛毛单胞菌"（Comamonas percolans）、"土生丛毛单胞菌"（Comamonas terrigena）以及"土生假单胞菌"（Pseudomonas terrigena）等不同名称。
1894 年，Günther 从土壤中分离出一株弧菌形菌株，并将其命名为"Vibrio terrigenus"（32）。该原始分离株已遗失。1923 年，Mudd 和 Warren（47）描述了一株从干草浸液滤液中分离的微生物，命名为"Vibrio percolans"，并将菌株 NCTC 1937（ = = == NCIB 8193 = 8193 = 8193=8193= ATCC 8461）保藏于华盛顿特区陆军医学博物馆，指定其为" V V VV . percolans" ( 41 , 56 ) ( 41 , 56 ) (41,56)(41,56) 的模式菌株。1927 年，Lehmann 和 Neumann（39）将具有极生鞭毛的类弧菌微生物与具有产碱菌样生理特性的菌株归为"Vibrio alcaligenes"。同期，Gray 和 Thornton（31）从不同来源分离出其他类弧菌微生物，命名为" V V VV . alcaligenes"，或描述为"Vibrio cyclosites"、"Vibrio cuneatus"等新种。
以及“新囊弧菌（Vibrio neocistes）”。后三个物种的模式菌株分别为 NCIB 2581、NCIB 8194（= ATCC 6972）和 NCIB 2582（ = = == ATCC 14636）（41, 56）。后续研究证实，将这些生物归类为弧菌属存在错误，这不仅源于其异常的生理形态特征 ( 11 , 14 , 29 , 35 , 52 , 54 ) ( 11 , 14 , 29 , 35 , 52 , 54 ) (11,14,29,35,52,54)(11,14,29,35,52,54) ，还因为这些菌株的脱氧核糖核酸（DNA）碱基组成显著高于其他弧菌属物种（12, 53）。Galarneault 与 Leifson（29）提出“产碱丛毛单胞菌（Lophomonas alcaligenes）”这一名称，用于描述一类革兰氏阴性、杆状、丛毛菌，这类细菌既不通过发酵也不通过氧化途径分解碳水化合物。作者认为“L. alcaligenes”是" V V VV . alcaligenes" Lehmann 和 Neumann 1927 的异名。1962 年，Davis 与 Park（14）指出“Lophomonas”这一名称无效，并为此类菌株建立新属“丛毛单胞菌属（Comamonas）”，以“渗透丛毛单胞菌（Comamonas percolans）”为模式种，菌株 ATCC 8461（ = = == NCIB 8193）（“ V V VV . percolans” Mudd 和 Warren 1923）作为模式菌株。 Davis 和 Park（14）还将下列菌株归入"丛毛单胞菌属"： V V VV . alcaligenes NCTC 9239、 V V VV . cyclosites NCIB 2581 以及 V V VV . neocistes NCIB 2582。1962 年 Hugh（33）提议用"土生丛毛单胞菌"替代 C C CC . percolans 这一命名，因发现 C C CC . percolans 实为"V. terrigenus" Günther 1894 的后期主观异名。1965 年 Hugh（34）发现"C. terrigena"模式菌株 ATCC 8461 与 Marcus 和 Talalay 于 1956 年提出的"睾丸酮假单胞菌"（Pseudomonas testosteroni）模式菌株 ATCC 11996 高度相似，遂提议将这两个分类单元合并为"土生假单胞菌"（Pseudomonas terrigena），并 P P PP 。
表 1. 使用的菌株
  接收名称   菌株 a a  ^("a "){ }^{\text {a }} 其他菌株名称 a a  ^("a "){ }^{\text {a }}   接收来源： a a  ^("a "){ }^{\text {a }}   来源
由本机构指定的菌株归属
  致伤杆菌
致伤杆菌（"渗透弧菌"）   国家工业细菌保藏中心 8193 T b 8193 T  b 8193^("T "b)8193{ }^{\text {T } b} 比利时微生物保藏中心 1253 T 1253 T 1253^(T)1253^{\mathrm{T}} （=哥德堡大学菌种保藏中心 15327 T 15327 T 15327^(T)15327^{\mathrm{T}} ），哥德堡大学菌种保藏中心 2185 T 2185 T 2185^(T)2185^{\mathrm{T}} （=比利时微生物保藏中心 5929 T T ^(T){ }^{\mathrm{T}} ），美国典型菌种保藏中心 8461 T T ^(T){ }^{\mathrm{T}} ，英国国家典型菌种保藏中心 1937 T 1937 T 1937^(T)1937^{\mathrm{T}} ，巴斯德研究所菌种保藏中心 63.44 T 63.44 T 63.44^(T)63.44^{\mathrm{T}}   NCIB 与罗兹-罗伯茨 干草浸液，美国
"V. cyclosites" NCIB 2581 b,c 2581 b,c  2581^("b,c ")2581{ }^{\text {b,c }} LMG 1249、CCUG 2474、NCTC 2581、CIP 63.43 NCIB   土壤
  "新克莱斯特弧菌" NCIB 2582 b 2582 b  2582^("b ")2582{ }^{\text {b }} LMG 1251、CCUG 2475、ATCC 14636（ = = == LMG 1252 = CCUG 15329）、NCTC 2582、CIP 63.45   英国国家工业细菌保藏所与美国典型培养物保藏中心   土壤
  未命名 CCUG 12940 LMG 5520、GLG 4425   吉拉尔迪   血液样本，美国
参考及其他菌株：
   P P PP . 睾丸酮丛毛单胞菌 NCTC 10698 T T  ^("T "){ }^{\text {T }} CCUG 1426 T 1426 T 1426^(T)1426^{\mathrm{T}} 、LMG 1786 T 1786 T 1786^(T)1786^{\mathrm{T}} 、Stanier 78 T 78 T 78^(T)78^{\mathrm{T}} 、ATCC 11996 T 11996 T 11996^(T)11996^{\mathrm{T}} NCTC   土壤
  睾酮假单胞菌 ATCC 17407 LMG 1787 (= CCUG 15341), Stanier 25 ATCC Soil
  睾酮假单胞菌 ATCC 17409 LMG 1788（= CCUG 15339），Stanier 27 ATCC   土壤
  睾丸酮假单胞菌 ATCC 1751t1 和 ATCC 17510 t d 17510 t d 17510t^(d)17510 \mathrm{t}^{d} LMG 1789 t1、LMG 1789t2、CCUG 14480 及 Stanier 138 ATCC   土壤
  睾丸酮假单胞菌   CCUG 1135 菌株   LMG 5933 菌株   本研究所分离菌株   肾脏
  嗜酸丛毛单胞菌 ATCC 15668 T T  ^("T "){ }^{\text {T }} CCUG 14481 T 14481 T 14481^(T)14481^{\mathrm{T}} 、Stanier 14 T 14 T 14^(T)14^{\mathrm{T}} （ = = == LMG 1226 T 1226 T  1226^("T ")1226^{\text {T }} ）   ATCC 和康托普洛斯   土壤
  食酸假单胞菌 ATCC 17476 LMG 1791（= CCUG 15337），Stanier 102 ATCC
  食酸假单胞菌   美国模式培养物集存库 17406 号 LMG 1790（= CCUG 15340），斯坦尼尔 24 号 ATCC   土壤
  嗜酸假单胞菌   ATCC 15005 菌株 LMG 1802（= CCUG 15338），Stanier 146 菌株 ATCC
  嗜酸假单胞菌 ATCC 9355t1 d d  ^("d "){ }^{\text {d }} LMG 1801t1、CCM 283（= CCUG 1822）、Stanier 29   ATCC 和 CCM   土壤
  食酸假单胞菌   NCTC 9991 e 9991 e  9991^("e ")9991{ }^{\text {e }} CCUG 536（= LMG 5931）、ATCC 12816、CIP 60.79、Stanier 61 NCTC   颊腔
  贪噬菌 CIP 60.78 CCUG 727（= LMG 5932）、ATCC 17439、Stanier 62 CIP   咽部
"胱氨酸无色杆菌"   国家工业细菌保藏中心 4854 b 4854 b  4854^("b ")4854{ }^{\text {b }} LMG 1795，CCUG 2485 NCIB   土壤
   P P PP 德拉菲尔德氏菌 ATCC 17506t2 斯坦尼尔 134t2（ = = == LMG 1792t2 = CCUG 14277）   康托普洛斯
  奇异产碱杆菌 ATCC 17713 t 1 Td 17713 t 1 Td  17713 t1^("Td ")17713 t 1^{\text {Td }} LMG 1797t1 T T  ^("T "){ }^{\text {T }} 、CCUG 1777 T 1777 T 1777^(T)1777^{\mathrm{T}} 、斯坦尼尔 351 T 351 T 351^(T)351^{\mathrm{T}} ATCC   土壤
  矛盾产碱菌   ATCC 17549 菌株 LMG 1796、CCUG 1778、Stanier 180 菌株 ATCC   土壤样本
  共养菌 DSM 1231 LMG 5821（= CCUG 15334）、扎瓦尔津 Z-1155   迈耶 苏联莫斯科河底泥
P P PP diminuta NCTC 8545 T 8545 T  8545^("T ")8545{ }^{\text {T }} CCUG 1427 T 1427 T 1427^(T)1427^{\mathrm{T}} 、CCEB 513 T 513 T 513^(T)513^{\mathrm{T}} （ = = == LMG 1793 T 1793 T 1793^(T)1793^{\mathrm{T}} ）及 ATCC 11568 T 11568 T 11568^(T)11568^{\mathrm{T}}   NCTC 与 CCEB   水
  产碱弧菌 NCTC 9239 LMG 1798、CIP 63.38（= CCUG 1797）、ATCC 14736   NCTC 与 CIP   血液
  荧光假单胞菌 ATCC 13525 T 13525 T  13525^("T ")13525{ }^{\text {T }} MMCA 40 T 40 T 40^(T)40^{\mathrm{T}} （ = = == LMG 1794 T 1794 T 1794^(T)1794^{\mathrm{T}} ）、CCEB 546 T 546 T 546^(T)546^{\mathrm{T}} （ = = == CCUG 1253 T 1253 T 1253^(T)1253^{\mathrm{T}} ）   MMCA 与 CCEB   水
  "楔形弧菌" NCIB 8194 f 8194 f  8194^("f ")8194{ }^{\text {f }} LMG 1799、CCUG 15336、ATCC 6972、NCTC 2583 NCIB   土壤
  "环状弧菌"   美国模式培养物集存库 14635 ∘ 14635 ∘ 14635^(@)14635^{\circ} 比利时微生物协调收藏中心 1250 号、瑞典哥德堡大学培养物中心 13449 号（= 比利时微生物协调收藏中心 5926 号） ATCC   土壤
Name as received Strain(s) ^("a ") Other strain designations ^("a ") Received from: ^("a ") Source Strains assigned by us to C. terrigena C. terrigena ("V. percolans") NCIB 8193^("T "b) LMG 1253^(T) ( = CCUG 15327^(T) ), CCUG 2185^(T) ( = LMG 5929 ^(T) ), ATCC 8461 ^(T), NCTC 1937^(T), CIP 63.44^(T) NCIB and Rhodes-Roberts Hay infusion, United States "V. cyclosites" NCIB 2581^("b,c ") LMG 1249, CCUG 2474, NCTC 2581, CIP 63.43 NCIB Soil "V. neocistes" NCIB 2582^("b ") LMG 1251, CCUG 2475, ATCC 14636 ( = LMG 1252 = CCUG 15329), NCTC 2582, CIP 63.45 NCIB and ATCC Soil Unnamed CCUG 12940 LMG 5520, GLG 4425 Gilardi Blood, United States Reference and other strains: P. testosteroni NCTC 10698 ^("T ") CCUG 1426^(T), LMG 1786^(T), Stanier 78^(T), ATCC 11996^(T) NCTC Soil P. testosteroni ATCC 17407 LMG 1787 ( = CCUG 15341), Stanier 25 ATCC Soil P. testosteroni ATCC 17409 LMG 1788 (= CCUG 15339), Stanier 27 ATCC Soil P. testosteroni ATCC 1751t1 and ATCC 17510t^(d) LMG 1789 t 1 and LMG 1789t2, CCUG 14480, Stanier 138 ATCC Soil P. testosteroni CCUG 1135 LMG 5933 Our isolate Kidney P. acidovorans ATCC 15668 ^("T ") CCUG 14481^(T), Stanier 14^(T) ( = LMG 1226^("T ") ) ATCC and Contopoulos Soil P. acidovorans ATCC 17476 LMG 1791 ( = CCUG 15337), Stanier 102 ATCC P. acidovorans ATCC 17406 LMG 1790 ( = CCUG 15340), Stanier 24 ATCC Soil P. acidovorans ATCC 15005 LMG 1802 ( = CCUG 15338), Stanier 146 ATCC P. acidovorans ATCC 9355t1 ^("d ") LMG 1801t1, CCM 283 ( = CCUG 1822), Stanier 29 ATCC and CCM Soil P. acidovorans NCTC 9991^("e ") CCUG 536 ( = LMG 5931), ATCC 12816, CIP 60.79, Stanier 61 NCTC Buccal cavity P. acidovorans CIP 60.78 CCUG 727 ( = LMG 5932), ATCC 17439, Stanier 62 CIP Pharynx "Achromobacter cystinovorum" NCIB 4854^("b ") LMG 1795, CCUG 2485 NCIB Soil P. delafieldii ATCC 17506t2 Stanier 134t2 ( = LMG 1792t2 = CCUG 14277) Contopoulos Alcaligenes paradoxus ATCC 17713 t1^("Td ") LMG 1797t1 ^("T "), CCUG 1777^(T), Stanier 351^(T) ATCC Soil Alcaligenes paradoxus ATCC 17549 LMG 1796, CCUG 1778, Stanier 180 ATCC Soil "C. compransoris" DSM 1231 LMG 5821 ( = CCUG 15334), Zavarzin Z-1155 Meyer Mud of Moskva River, USSR P diminuta NCTC 8545^("T ") CCUG 1427^(T), CCEB 513^(T) ( = LMG 1793^(T) ), ATCC 11568^(T) NCTC and CCEB Water "V. alcaligenes" NCTC 9239 LMG 1798, CIP 63.38 ( = CCUG 1797), ATCC 14736 NCTC and CIP Blood P. fluorescens ATCC 13525^("T ") MMCA 40^(T) ( = LMG 1794^(T) ), CCEB 546^(T) ( = CCUG 1253^(T) ) MMCA and CCEB Water "V. cuneatus" NCIB 8194^("f ") LMG 1799, CCUG 15336, ATCC 6972, NCTC 2583 NCIB Soil "V. cyclosites" ATCC 14635^(@) LMG 1250, CCUG 13449 ( = LMG 5926) ATCC Soil| Name as received | Strain(s) ${ }^{\text {a }}$ | Other strain designations ${ }^{\text {a }}$ | Received from: ${ }^{\text {a }}$ | Source | | :--- | :--- | :--- | :--- | :--- | | Strains assigned by us to | | | | | | C. terrigena | | | | | | $C$. terrigena ("V. percolans") | NCIB $8193{ }^{\text {T } b}$ | LMG $1253^{\mathrm{T}}$ ( = CCUG $15327^{\mathrm{T}}$ ), CCUG $2185^{\mathrm{T}}$ ( = LMG 5929 ${ }^{\mathrm{T}}$ ), ATCC 8461 ${ }^{\mathrm{T}}$, NCTC $1937^{\mathrm{T}}$, CIP $63.44^{\mathrm{T}}$ | NCIB and Rhodes-Roberts | Hay infusion, United States | | "V. cyclosites" | NCIB $2581{ }^{\text {b,c }}$ | LMG 1249, CCUG 2474, NCTC 2581, CIP 63.43 | NCIB | Soil | | "V. neocistes" | NCIB $2582{ }^{\text {b }}$ | LMG 1251, CCUG 2475, ATCC 14636 ( $=$ LMG 1252 = CCUG 15329), NCTC 2582, CIP 63.45 | NCIB and ATCC | Soil | | Unnamed | CCUG 12940 | LMG 5520, GLG 4425 | Gilardi | Blood, United States | | Reference and other strains: | | | | | | $P$. testosteroni | NCTC 10698 ${ }^{\text {T }}$ | CCUG $1426^{\mathrm{T}}$, LMG $1786^{\mathrm{T}}$, Stanier $78^{\mathrm{T}}$, ATCC $11996^{\mathrm{T}}$ | NCTC | Soil | | P. testosteroni | ATCC 17407 | LMG 1787 ( = CCUG 15341), Stanier 25 | ATCC | Soil | | P. testosteroni | ATCC 17409 | LMG 1788 (= CCUG 15339), Stanier 27 | ATCC | Soil | | P. testosteroni | ATCC 1751t1 and ATCC $17510 \mathrm{t}^{d}$ | LMG 1789 t 1 and LMG 1789t2, CCUG 14480, Stanier 138 | ATCC | Soil | | P. testosteroni | CCUG 1135 | LMG 5933 | Our isolate | Kidney | | P. acidovorans | ATCC 15668 ${ }^{\text {T }}$ | CCUG $14481^{\mathrm{T}}$, Stanier $14^{\mathrm{T}}$ ( $=$ LMG $1226^{\text {T }}$ ) | ATCC and Contopoulos | Soil | | P. acidovorans | ATCC 17476 | LMG 1791 ( = CCUG 15337), Stanier 102 | ATCC | | | P. acidovorans | ATCC 17406 | LMG 1790 ( = CCUG 15340), Stanier 24 | ATCC | Soil | | P. acidovorans | ATCC 15005 | LMG 1802 ( = CCUG 15338), Stanier 146 | ATCC | | | P. acidovorans | ATCC 9355t1 ${ }^{\text {d }}$ | LMG 1801t1, CCM 283 ( = CCUG 1822), Stanier 29 | ATCC and CCM | Soil | | P. acidovorans | NCTC $9991{ }^{\text {e }}$ | CCUG 536 ( = LMG 5931), ATCC 12816, CIP 60.79, Stanier 61 | NCTC | Buccal cavity | | P. acidovorans | CIP 60.78 | CCUG 727 ( = LMG 5932), ATCC 17439, Stanier 62 | CIP | Pharynx | | "Achromobacter cystinovorum" | NCIB $4854{ }^{\text {b }}$ | LMG 1795, CCUG 2485 | NCIB | Soil | | $P$. delafieldii | ATCC 17506t2 | Stanier 134t2 ( $=$ LMG 1792t2 = CCUG 14277) | Contopoulos | | | Alcaligenes paradoxus | ATCC $17713 t 1^{\text {Td }}$ | LMG 1797t1 ${ }^{\text {T }}$, CCUG $1777^{\mathrm{T}}$, Stanier $351^{\mathrm{T}}$ | ATCC | Soil | | Alcaligenes paradoxus | ATCC 17549 | LMG 1796, CCUG 1778, Stanier 180 | ATCC | Soil | | "C. compransoris" | DSM 1231 | LMG 5821 ( = CCUG 15334), Zavarzin Z-1155 | Meyer | Mud of Moskva River, USSR | | $P$ diminuta | NCTC $8545{ }^{\text {T }}$ | CCUG $1427^{\mathrm{T}}$, CCEB $513^{\mathrm{T}}$ ( $=$ LMG $1793^{\mathrm{T}}$ ), ATCC $11568^{\mathrm{T}}$ | NCTC and CCEB | Water | | "V. alcaligenes" | NCTC 9239 | LMG 1798, CIP 63.38 ( = CCUG 1797), ATCC 14736 | NCTC and CIP | Blood | | P. fluorescens | ATCC $13525{ }^{\text {T }}$ | MMCA $40^{\mathrm{T}}$ ( $=$ LMG $1794^{\mathrm{T}}$ ), CCEB $546^{\mathrm{T}}$ ( $=$ CCUG $1253^{\mathrm{T}}$ ) | MMCA and CCEB | Water | | "V. cuneatus" | NCIB $8194{ }^{\text {f }}$ | LMG 1799, CCUG 15336, ATCC 6972, NCTC 2583 | NCIB | Soil | | "V. cyclosites" | ATCC $14635^{\circ}$ | LMG 1250, CCUG 13449 ( = LMG 5926) | ATCC | Soil |
testosteroni 作为次异名。"C. terrigena"、" V V VV .cyclosites"和" V V VV .neocistes"的原始模式菌株在国家工业细菌保藏中心目录(48)中被列为假单胞菌属(Pseudomonas sp.)，在巴斯德研究所菌种保藏目录(10)中则列为" P P PP .terrigena"。多位学者提出"C. terrigena"、" V V VV .cyclosites"和" V V VV .neocistes"可能应归入假单胞菌属( 11 , 12 , 15 , 54 , 62 11 , 12 , 15 , 54 , 62 11,12,15,54,6211,12,15,54,62 )。由于分类地位未明，这些菌株的正式命名状态变得模糊。在《伯杰氏系统细菌学手册》第八版(24)中，尽管其描述与属级定义无冲突但因不完整，这些菌仍被保留为假单胞菌属补遗 IV 中的地位未定种。
“C. terrigena”菌株的正确分类与鉴定仍是悬而未决的问题。最近，某株被称为“C. terrigena”的菌株（27）所产的若干酶引起了研究关注（4, 5, 42）。遗憾的是，该微生物的鉴定存在疑问。从临床样本中分离出“C. terrigena”菌株（6），加之新物种“Comamonas compransoris” Nozhevnikova and Zavarzin 1974（50, 66）的描述，凸显了对“Comamonas”及相关细菌进行明确分类的迫切需求。“C. compransoris”是一种兼性无机自养菌，能够以一氧化碳或氢气作为能源、二氧化碳作为碳源进行生长（13）。该物种已被重新归类为“Pseudomonas compransoris”（46; G. Söder，学位论文，格丁根大学，格丁根，德意志联邦共和国，1980）。
本研究旨在：(i)厘清分类混乱的"丛毛单胞菌"及其近缘菌株的分类体系，(ii)建立新分离菌株的鉴定标准。作为假单胞菌属广泛分类研究的一部分(23)，我们通过 DNA-核糖体核糖核酸(rRNA)杂交技术对若干"丛毛单胞菌"菌株及可能相关的细菌进行检测，以确定其在属级和超属分类单元中的系统地位。同时采用 DNA-DNA 杂交实验、血清学比对、蛋白质电泳分析及大量表型数据的数值分析方法，系统解析菌株间的亲缘关系。基于实验数据，我们建议将" C C CC . terrigena"NCIB 8193 T 8193 T 8193^(T)8193^{T} （ T = T = T=\mathrm{T}= 模式菌株 ) ) )) ）、" V V VV . cyclosites"NCIB 2581 和" V V VV . neocistes"NCIB 2582 合并为一个新物种——土生丛毛单胞菌（Comamonas terrigena Hugh 1962 sp. nov., nom. rev.）。

  材料与方法

实验菌株。本研究使用的所有菌株列于表 1。部分培养物中观察到两种菌落形态，分别标记为 t1 和 t2 型。当二者呈现不同蛋白质电泳图谱时，均被纳入分析体系。
DNA-rRNA 杂交。细胞培养、高分子量 DNA 制备、DNA 在硝酸纤维素滤膜上的固定及膜上 DNA 含量的化学测定均按先前所述方法进行（19）。恶臭假单胞菌 ATCC 23S [ 14 C ] − 14 C − {:^(14)C]-\left.{ }^{14} \mathrm{C}\right]- 或 [ 3 H ] 3 H [^(3)H]\left[{ }^{3} \mathrm{H}\right] rRNA、荧光假单胞菌 ATCC 15668 T , 23 S [ 14 C ] 15668 T , 23 S 14 C 15668^(T),23S[^(14)C]15668^{\mathrm{T}}, 23 \mathrm{~S}\left[{ }^{14} \mathrm{C}\right] 16S rRNA 及争论产碱杆菌 ATCC 13525 T 13525 T 13525^(T)13525^{\mathrm{T}} 的 16 S [ 14 C ] RRNA 16 S 14 C RRNA 16S[^(14)C]RRNA16 \mathrm{~S}\left[{ }^{14} \mathrm{C}\right] \mathrm{RRNA} rRNA 纯化方法见前文（19）。16S 或 23S [ 14 C ] − 14 C − {:^(14)C]-\left.{ }^{14} \mathrm{C}\right]- 或 [ 3 H ] 3 H [^(3)H]\left[{ }^{3} \mathrm{H}\right] rRNA 与滤膜固定的单链高分子量 DNA 之间的杂交实验依照 De Ley 和 De Smedt 的方法（19）进行。
每个 DNA-rRNA 杂交体通过以下两个参数表征：热变性温度 [ T m ( e ) ] T m ( e ) [T_(m(e))]\left[T_{m(e)}\right] 和 rRNA 结合百分比（19）。
DNA 碱基组成。通过热变性法（21）测定 DNA 中鸟嘌呤加胞嘧啶 ( G + C ) ( G + C ) (G+C)(\mathrm{G}+\mathrm{C}) 的平均含量，并采用经 De Ley 修正（16）的 Marmur 和 Doty 公式（45）进行计算。
DNA-DNA 杂交。结合程度通过 De Ley 等人（18）提出的分光光度法测定复性速率来确定。
可溶性蛋白质的聚丙烯酰胺凝胶电泳分析。细胞（约 2g 湿重）在鲁氏培养瓶中于 28 ∘ C 28 ∘ C 28^(@)C28^{\circ} \mathrm{C} 条件下培养 40 小时，培养基配方为： 1 % 1 % 1%1 \% 蛋白胨（Oxoid 公司，英国伦敦）、0.8% Lab-Lemco 粉末（Oxoid）、 0.5 % NaCl 0.5 % NaCl 0.5%NaCl0.5 \% \mathrm{NaCl} 及 2.5 % 2.5 % 2.5%2.5 \% 琼脂（溶解于自来水中）。无细胞提取物制备及蛋白质电泳图谱分析方法参照先前文献（36）。
形态学与生化特征鉴定。对菌株进行了系列革兰氏阴性非发酵菌鉴定试验（26）。这些标准或经适度改良的常规测试（43）均在 30 ∘ C 30 ∘ C 30^(@)C30^{\circ} \mathrm{C} 条件下培养（特殊说明除外），分别于培养 1 , 2 , 3 1 , 2 , 3 1,2,31,2,3 、4 天及 5-6 天后进行观察记录。 研究了以下特征：菌落形态；在 30℃及 37 ∘ C 37 ∘ C 37^(@)C37^{\circ} \mathrm{C} 条件下的生长情况；在马血琼脂上的溶血性及气味；在 42 ∘ C 42 ∘ C 42^(@)C42^{\circ} \mathrm{C} 营养琼脂斜面上的生长；营养琼脂上色素形成；在 Drigalski 琼脂、西特里米德 ( 0.08 % ) ( 0.08 % ) (0.08%)(0.08 \%) 琼脂及含 0.5 , 1.5 , 3 , 4.5 0.5 , 1.5 , 3 , 4.5 0.5,1.5,3,4.50.5,1.5,3,4.5 或 6.5 % NaCl 6.5 % NaCl 6.5%NaCl6.5 \% \mathrm{NaCl} 的营养琼脂上的生长能力；在半固体氧化发酵培养基中的运动性，或通过悬滴法检测于 30 ∘ C 30 ∘ C 30^(@)C30^{\circ} \mathrm{C} 条件下在马血琼脂上过夜培养物的运动性；氧化酶（PathoTec 试剂，Warner-Lambert 公司，美国新泽西州莫里斯平原）；过氧化氢酶（玻片法）；脲酶（Christensen 无琼脂培养基）； β β beta\beta -半乳糖苷酶（ o o oo -硝基苯基- β β beta\beta -D-吡喃半乳糖苷）；脱氧核糖核酸酶；Möller 赖氨酸及鸟氨酸脱羧酶；精氨酸双水解酶；淀粉水解（于 Mueller-Hinton 琼脂[Oxoid]）；七叶苷、吐温 80 及乙酰胺水解；L-色氨酸富集肉汤中吲哚生成；三糖铁琼脂反应；含 D-葡萄糖、麦芽糖、阿东醇、D-果糖及 D-木糖的氧化发酵培养基酸化作用； 10 % 10 % 10%10 \% 乳糖培养基酸化；King B 培养基荧光现象； 0.1 % 0.1 % 0.1%0.1 \% 硝酸钾及 0.05 % 0.05 % 0.05%0.05 \% 亚硝酸钠还原；明胶液化（通过营养明胶穿刺培养基或改良 Kohn-炭明胶试验测定）；以及马血琼脂上对青霉素（ 10 μ g / 10 μ g / 10 mug//10 \mu \mathrm{~g} / 纸片）的耐药性。 基于 Freney 等人(28)的培养基建立了简化的生长因子测定法。API ZYM 和 API 20NE 测试条的操作均遵循制造商(API System, La Balme-les-Grottes, MontalieuVercieu, France)提供的标准流程。
碳源同化试验。使用 API 50 CH(碳水化合物)、API 50AO(有机酸)和 API 50AA(氨基酸及胺类)测试条(API System)及前期文献方法(37)，测定了 147 种有机化合物作为单一碳源的利用情况。测试条在 0℃培养，分别于孵育 1 天、2 天、4 天和 7 天后记录结果。未添加碳源的对照孔未观察到生长现象。
血清学检测。抗血清制备参照 Falsen 方法(25)，使用以下菌株的无细胞提取物免疫家兔获得："V. cyclosites" NCIB 2581，
    •   通讯作者。
  2. a a ^(a){ }^{a} ATCC，美国典型培养物保藏中心，马里兰州罗克维尔；CCEB，捷克斯洛伐克布拉格昆虫病原细菌保藏中心；CCM，捷克斯洛伐克布尔诺捷克斯洛伐克微生物保藏中心；CCUG，瑞典哥德堡大学临床细菌学系微生物保藏中心；CIP，法国巴黎巴斯德研究所菌种保藏中心；DSM，德国哥廷根德国微生物菌种保藏中心；LMG，比利时根特微生物学实验室菌种保藏中心；MMCA，丹麦奥胡斯医学微生物研究所医学微生物保藏中心；NCTC，英国伦敦中央公共卫生实验室国家模式培养物保藏中心；NCIB，苏格兰阿伯丁国家工业细菌保藏中心；Contopoulos，B. Contopoulos，加州大学伯克利分校细菌学系；Gilardi，G. Gilardi，纽约州纽约市联合疾病医院及医疗中心；Meyer，O. Meyer，德国哥廷根微生物研究所；Rhodes-Roberts，M. 罗德-罗伯茨，英国阿伯里斯特威斯威尔士大学学院植物学与微生物学系。
    b b ^(b){ }^{b} 该菌株在国家工业细菌保藏中心目录中登记为假单胞菌属未定种（48）。
    “V. cyclosites” NCIB 2581 与“ V V VV . cyclosites” ATCC 14635 存在差异（详见正文）。
    d t 1 d t 1 ^(d)t1{ }^{d} \mathrm{t} 1 与 t2 代表两种不同的菌落类型。
    “国家模式培养物保藏中心”菌种目录中列为“渗透丛毛单胞菌（Comamonas percolans）”（文献 49）。
    f f ^(f){ }^{f} “国家工业细菌保藏中心”菌种目录中列为荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens）（文献 48）。