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表型获取方法 表型獲取方法
生信中常见表型:坏死性凋亡,自噬,细胞焦亡,铁死亡,铁代谢,m6A,m5C,m1A,缺氧,内质网应激,氧化应激,糖酵解,脂肪酸代谢,组蛋白基因,细胞凋亡,衰老,EMT,外泌体基因,代谢重编程,昼夜节律。
生信中常見表型:壞死性凋亡,自噬,細胞焦亡,鐵死亡,鐵代謝,m6A,m5C,m1A,缺氧,內質網應激,氧化應激,糖酵解,脂肪酸代謝,組蛋白基因,細胞凋亡,衰老,EMT,外泌體基因,代謝重程式設計,晝夜節律。
/方法1,GeneCards/
在检索框中输入表型名称,点击放大镜小图标进行检索。这里以铁死亡为例。
在檢索框中輸入表型名稱,點擊放大鏡小圖示進行檢索。 這裡以鐵死亡為例。
观察特定表型信息。确定有428个铁死亡基因。score值大多不高。有基因列表批量导出按钮export。
觀察特定表型資訊。 確定有428個鐵死亡基因。 score值大多不高。 有基因清單批量匯出按鈕export。
导出特定表型基因列表 匯出特定表型基因清單
注意事项 注意事項
1,想直接下载基因列表,需要先注册个账号;注册门槛低,qq账号也能注册
1,想直接下載基因清單,需要先註冊個帳號; 註冊門檻低,qq帳號也能註冊
2,如果觉得基因列表的基因数太多,可以通过设置score值的cutoff,来筛选高分值的基因列表(score值的设置,无统一标准)
2,如果覺得基因清單的基因數太多,可以通過設置score值的cutoff,來篩選高分值的基因清單(score值的設置,無統一標準)
3,特定的表型名称的英文名不要输入错误。尽量不选各种浏览器的翻译软件,目前这些翻译软件对专业书一翻译不友好,容易翻译走样。比如铁死亡,应该输入Ferroptosis,而不是iron death
3,特定的表型名稱的英文名不要輸入錯誤。 盡量不選各種瀏覽器的翻譯軟體,目前這些翻譯軟體對專業書一翻譯不友好,容易翻譯走樣。 比如鐵死亡,應該輸入Ferroptosis,而不是iron death
4,在GenCards里下载的基因包括多做分子类型,包括lncRNA, miRNA, mRNA三种分子类型;根据要研究的主变量分子类型,剔除其他的分子类型。
4,在GenCards裡下載的基因包括多做分子類型,包括lncRNA, miRNA, mRNA三種分子類型; 根據要研究的主變數分子類型,剔除其他的分子類型。
/方法2,GSEA(gsea-msigdb.org)/
点击Explore the Molecular Signatures Database (MSigDB)
點擊Explore the Molecular Signatures Database (MSigDB)
在跳转的页面中点击Search 在跳轉的頁面中點擊Search
在Keywords中输入特定的表型名称,以铁死亡为例,输入Ferroptosis,点击Search
在Keywords中輸入特定的表型名稱,以鐵死亡為例,輸入Ferroptosis,點擊Search
把下载好的文件放入excel表格中,这个时候出现了表型的基因集
把下載好的檔放入excel表格中,這個時候出現了表型的基因集
注意:需要先注册个账号,非常简单。 注意:需要先註冊個帳號,非常簡單。
/方法3,通过已经发表的铁死亡生信类文献,在其中找基因列表的来源。确定检索词检索词,表型+GEO或者表型+TCGA,比如铁死亡+GEO,或者铁死亡+TCGA,输入Pubmed/
/方法3,通過已經發表的鐵死亡生信類文獻,在其中找基因清單的來源。 確定檢索詞檢索詞,表型+GEO或者表型+TCGA,比如鐵死亡+GEO,或者鐵死亡+TCGA,輸入Pubmed/
下载20-30篇该表型类的生信文献,收集其基因列表来源及list,一般在材料方法部分。
下載20-30篇該表型類的生信文獻,收集其基因清單來源及list,一般在材料方法部分。
注意:引用一手表型基因来源(一般为权威综述),即其他铁死亡生信文献中铁死亡来源引用的基因来源,你也可以引用,而不要直接引用这篇生信文章
注意:引用一手錶型基因來源(一般為權威綜述),即其他鐵死亡生信文獻中鐵死亡來源引用的基因來源,你也可以引用,而不要直接引用這篇生信文章
可以多篇铁死亡基因列表取交集,也可以取并集;可以基因来源只来自一篇文章,也可以多篇文章。尽可能有基因来源文献。
可以多篇鐵死亡基因清單取交集,也可以取並集; 可以基因來源只來自一篇文章,也可以多篇文章。 盡可能有基因來源文獻。
/方法4:GO数据库(http://geneontology.org/)本篇文章使用的该方法在Keywords中输入特定的表型名称/
/方法4:GO資料庫(http://geneontology.org/)本篇文章使用的該方法在Keywords中輸入特定的表型名稱/
对应相关的通路名称 對應相關的通路名稱
找到表型相关的基因 找到表型相關的基因
/方法5,表型数据库
/方法5,表型資料庫
百度搜索【表型名 数据库】/
百度搜索【表型名 資料庫】/
看该数据库的教程介绍 看該資料庫的教程介紹
去该数据库官网下载基因列表,一般有Download按钮直接点击download
去該資料庫官網下載基因清單,一般有Download按鈕直接點擊download
FerrDb (zhounan.org)
点击下载。主要下载Driver, suppressor, marker三部分的基因列表。
點擊下載。 主要下載Driver, suppressor, marker三部分的基因清單。
生物信息医学苑 生物資訊醫學苑
编辑:关昕 編輯:關昕
排版:李吉珍
审校:王维 審校:王維
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